Wdrożenia systemów klasy ECM zdecydowanie różnią się od wdrożeń systemów dziedzinowych takich jak: CRM, MES czy nawet ERP.Główna różnica polega na tym, że cały system jest wkomponowany w środowisko informatyczne, gdzie pracuje wiele oddzielnych produktów, z którymi ECM musi nawiązać współpracę. Dodatkowym wyzwaniem jest często praca na nieustrukturyzowanych dokumentach, takich jak różnego rodzaju papierowe formularze, zamówienia lub faktury przesyłane tradycyjnie w postaci papierowej.
Dokumenty takie w pierwszej kolejności należy poddać obróbce OCR a następnie zrobić ekstrakcję danych, aby określić interesujące nas cechy dokumentu.
W wielu przypadkach wdrożenia rozpoczynane są przy braku dostatecznie zidentyfikowanych procesów czy formatach plików, które będą procesowane.
Jeżeli mówimy o elektronicznym procesowaniu faktur to z pewnością nie jesteśmy w stanie określić wszystkich formatów faktur, które firma może otrzymać od dostawcy. Z identyfikacją wewnętrznych formularzy i procesów również są problemy, ponieważ wiele procesów jest realizowanych wielowątkowo i na etapie identyfikacji część wątków się pomija.
Z tego powodu głównym wymaganiem klienta jest to, aby system był „elastyczny”.
Elastyczność można różnie definiować. W większości przypadków jest to element nieporozumień między dostawcą a odbiorcą.